I too have a Samsung LNT 5265F just got it a few days ago. Just finished reprogramming my Pronto TSU 2000 (I know it's old but it gets the job done). I confronted the same problem that you are having and couldn't seem to get around having to toggle the "source" button to get the desired input. I did, however, find (@RemoteCentral)the ir codes for the TV.

In addition to simply inserting the ir codes, I inserted a 5 second delay before moving to the next TV command. The codes didn't seem to work with a shorter delay (I guess the TV has to internally cycle through the inputs - hence the delay - but I could be wrong on this). No longer need to toggle through the various inputs!

I hope this helps!

Here are the video input select codes:

Discrete Codes for LNT 5265F

HDMI 1
0000 006D 0000 0022 00AC 00AB 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0680

HDMI 2
0000 006D 0000 0022 00AC 00AB 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0689

HDMI 3
0000 006D 0000 0022 00AC 00AB 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0689

SVID1
0000 006D 0000 0022 00AC 00AB 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0689

COMPONENT1
0000 006D 0000 0022 00AC 00AB 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0016 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0041 0015 0016 0015 0689